Diğer dolgu uygulamalarının aksine yağ grefti uygulamalarında kişinin kendi yağı kullanıldığından her hangi bir alerjik veya enflamatuar sorun yaşanması asla beklenmez.
Her cerrahi işlemden sonra olabileceği gibi bu işlemlerden sonra da yağ alınan veya uygulanan bölgede minimal de olsa ağrı, morarma, geçici süre ödem (şişlik oluşması) gibi yan etkiler oluşabilir. Ayrıca çok nadiren de olsa işlem yapılan yerde yara enfeksiyon gelişme riski de mevcuttur.
Estetik amaçlı yağ grefti uygulamalarının en önemli sorunu işlemden sonra ne kadar yağın eriyip ne kadarının kalıcı olacağının önceden ön görülememesidir. Uygulanan yağın emilme miktarının her yerde eşit olmadığı durumlarda ise uygulama sonrasında bazen iki taraf arasında minimal asimetri gelişmesi ya da uygulanan alanda düzensizlik olması gözlenebilir. Hastaların bünyesel faktörleri, genetik yapıları, sigara içip içmemeleri gibi pek çok faktör bu süreci etkilese de kök hücre ile zenginleştirilmiş yağ grefti uygulamalarında uygulama sonrası yağın abzorbe olması (erimesi) çok azalmıştır. Ayrıca artan cerrahi tecrübe ile yağın özel kanüller ile alınması, uygulama öncesi kandan ve diğer doku artıklarından yıkanarak saflaştırılması ve mikrokanüller ile uygulama alanına kontrollü şekilde yerleştirilmesi ile yağın emilmesine bağlı sorunlara çok sık rastlanılmaz olmuştur.